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动物标本规范管理与数字化平台建设(陈军).pdf

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“第十一届全国动物标本修复与养护”培训班 动物标本规范管理与 数字化平台建设 陈 军 中国科学院动物研究所 国家动物博物馆标本馆 2016年11月21日 天津 内 容  生物标本概述  动物标本规范管理  动物标本数字化  动物标本信息共享 一、生物标本概述 生物标本定义: 保持生物实体原样或经特殊加工处理后,用于学习、 研究、展示等的动物、植物、微生物的完整个体或实体的 一部分 自然历史发展的档案 人类认识和了解自然历史的见证 人类研究和掌握生命现象的科学凭证 一、生物标本概述 生物标本的价值: 生物系统学乃至整个生物学研究的基本材料与支撑平 台、人类认识自然和改造自然的重要基础、重要的战略生 物资源 物种名称的载体或凭证、物种遗传多样性的保存方式、 鉴定未知物种的重要参照 一、生物标本概述 任何文字描述和图形记录都难以取代 人类自然科学研究遗产的永久性记录 科学和人文的双重传承 静生生物调查所标本采集记录本 震旦博物院动物标本室 北平研究院动物学 研究所标本制作室 一、生物标本概述 生物标本发挥的作用:  生物物种鉴定的最有效、最直接的凭证  研究物种分布、系统发育等的实物证据  提供更多有关资源变化的历史和现状的资料,为生物 多样性保护、制定濒危物种保护政策提供科学依据  在经济建设中发挥无可替代的作用  科学普及方面发挥重要作用 一、生物标本概述 生物标本的类型: 按生物类群分: 动物标本、植物标本、菌物标本、藻 类标本等 按制作工艺分: 干制标本、浸制标本、剥制标本、腊叶 标本、玻片标本等 一、生物标本概述 生物标本的类型: 按保存内容分:整体标本、皮张标本、骨骼标本、子实 标本、组织器官标本等 按用途分: 研究用标本、展示用标本、教学用标本等 按科学意义分:模式标本、珍稀濒危生物标本、特有生物 标本、普通研究用标本等 一、生物标本概述 生物标本的类型: 模式标本(type specimen): 为了使各种生物的名称与其所指的物种之间具有固定的、 可以查对的依据,在确立一个物种时,除了需要有文字描 述和图解外,尚需将当时研究和确立该种时所用的标本, 以及以后与之有关的某些特定标本,赋以特殊的意义,另 加重视,并长期妥善保存,作为今后比对该物种的最有效 资料。这类标本即为模式标本 一、生物标本概述 生物标本的类型: 正模 Holotype 副模 Paratype 由建立该物种的原作者专门指定 作为该种的主要模式的单个标本 建立该物种的原作者在研究、记载 该物种时所依据的一系列标本,其 中除正模外,其余均为副模标本 配模: 在副模标本中,由原作者特别指定的 Allotype 一个与正模性别相对的标本 一、生物标本概述 生物标本的类型:  普通定名标本:“种”或“属”一级  国内新纪录野生动物物种的标本  外来入侵动物首次发现的标本  具有特殊历史意义或价值的标本 国礼标本 马王堆汉墓出土标本 一、生物标本概述  珍稀濒危动物标本: 《国家重点保护野生动物名录》:国家一级重点保护野生 动物96种或类,列出二级重点保护野生动物160个 种或类群。 《濒危野生动植物种国际贸易公约》(CITES)附录Ⅰ、 附录Ⅱ和附录Ⅲ收录物种标本 《国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆 生野生动物名录》(“三有”名录) 各省、市、自治区重点保护野生动物名录收录物种标本 --- 二、动物标本规范管理 目的 标本的长期妥善保藏 —— 管好 —— 好管 充分发挥标本价值 用好 —— 好用 —— 硬件:建筑、器具、试剂、人力、--软件:技术、制度、流程、--- 二、动物标本规范管理 硬件 建筑:  独立建筑或空间  地基牢固、环境安静、地势高、-- 具有一定的抵御自然灾害的能力  考虑本地的特殊条件:湿度(相对湿度40-50%)、 温度(13-15°C)、白蚁、-- 承重:液浸、保藏器具、保藏 方式、-- 消防:自动感知、自动喷淋 (CO2、水)、--- 二、动物标本规范管理 硬件 建筑: 地面:平整、防虫、防尘、防滑、--门窗:防虫、防尘、避光、防盗、--- 照明: 二、动物标本规范管理 建筑: 内部区域划分: 储藏区:相对独立 干制标本与液浸标本:不同区域保藏 模式标本:单独空间保藏 具有特殊意义和价值的标本:单独空间或区域保藏 二、动物标本规范管理 基本配套设施:  员工办公室:人性化  标本检视间:供研究者检视标本使用  标本整理间:注意与储藏区域的分隔  中、大型标本制作间:  消毒杀虫间:  常用试剂间:消防安全  保藏器具存放间:  仪器设备间:消杀设备、干燥设备、冷冻设备  杂物间:  --- 二、动物标本规范管理 硬件 保藏器具: 标本柜、标本架、展示柜 标本屉:干制标本(鸟、兽等脊椎动物标本) 标本盒:干制标本(昆虫、无脊椎动物等标本) 标本瓶、缸、桶:液浸标本 玻片盒:玻片标本 --承重、密封(防尘、防虫、防光、防挥发)、防滑、 结实耐用、方便使用、节省空间、--- 二、动物标本规范管理 软件 规章、制度、流程、标准等: 涵盖标本保藏、管理等各方面工作 安全:安全守则、入馆须知、管理员守则、---标本管理:标本入库及保藏、标本使用、组织样品使用、 模式标本使用、---仪器设备的使用:中央空调、冷库、热库、冰柜、冰箱、 办公设备、标本制作设备、研究用设备、采集用设备、 ---器具耗材采购:保藏器具的技术要求和规格型号、试剂耗 材的技术指标、采购流程、领用手续、---- 二、动物标本规范管理 软件 规章、制度、流程、标准等: 数据:数据管理、数据库开发、数据调用、数据发布、 数据共享、---- 对外服务:标本检视、标本借用、标本交换、标本赠送、 标本送鉴、接待参观、---收费依据:标本及信息有偿使用、有偿服务、技术指导、 --应急预案:消防、虫霉害、设备、参观接待、--- 二、动物标本规范管理 标本入库 标本来源:  标本馆自行赴野外采集标本  科研人员研究后的标本  购买  与馆外机构和个人开展标本交换、接 受赠送、寄存、临时借用、-- 其他渠道:国家部门罚没、保护中心移交、--注意:新增标本来源的合法性 二、动物标本规范管理 标本接收: 实物清点核对: 数量、质量、--相关信息:  采集信息:日期、地点、经纬度、海拔、生境、寄主、 采集人、-原始采集记录本、复印件、电子版本  鉴定信息:鉴定签、清单,注意与标本的对应  有关文献:发表的分类学研究成果、其他相关的文献  其他信息:生态照片、音像资料、特殊价值、--借阅归还的标本:着重标本的清点核对,以及鉴定信息 和发表的研究成果 二、动物标本规范管理 信息登记: 标本编号:根据本馆入库编号原则 添加编号签:传统标签、条形码、--- 记录标本信息:纸质大帐本、标本数据库、--- 二、动物标本规范管理 标本杀虫灭菌 为害生物标本:昆虫、蜱螨、兽类、鸟雀、病菌等 昆虫:鞘翅目、啮虫目、蜚蠊目、缨尾目、等翅目、 膜翅目、鳞翅目等 蜱螨:前气门亚目、甲螨亚目(含无气门股) 为害动物标本: 花斑皮蠹Trogoderma variabile Ballion 小圆皮蠹Anthrenus verbasci Linnaeus 红圆皮蠹Anthrenus picturatus hintoni Mroczkowski 中华圆皮蠹Anthrenus sinensis Arrow 幕谷蛾Tineola bisselliella Hummel 袋衣蛾Tinea pellionella (Linnaeus) 书虱Troctes divinatorius Mǚller 毛衣鱼Ctenolepisma villosa Fabricius 二、动物标本规范管理 标本杀虫灭菌 低温冷冻: - 30 ℃处理72 h,可达到充分的杀虫效果 注意:1. 季节:春末夏初(低龄幼虫) 2. 温度与时间:低温对标本的损伤,季节, 标本实况 3. 防湿:密封、逐渐升温、除湿 高温消杀: 花斑皮蠹:50 ℃下处理3 ~ 4 h、60 ℃下处理1 h, 其死亡率均达100% 注意:1. 消防安全 2. 高温对标本的影响与危害 3. 不适于油脂含量高的标本 二、动物标本规范管理 标本杀虫灭菌 降低湿度: 干燥的环境不利于害虫的生长与繁殖 电离辐射: α 粒子、β 粒子、X 射线、γ 射线及加速电子等产生的 电离辐射都可杀死标本馆害虫或使其不育 气调消杀: 减少氧气含量,增加二氧化碳或氮气,从而抑制害虫、 害螨及微生物的生长 二、动物标本规范管理 标本杀虫灭菌 化学药剂消杀: 熏蒸:在密闭的环境中使用熏蒸剂,害虫通过呼吸系统 吸入药剂,发生一系列生理变化从而致其中毒死 亡的方法,是进行大面积杀虫的最有效方法 熏蒸剂:磷化铝(AIP)、硫酰氟( SO2F2) 、溴甲烷( CH3Br )、甲酸乙酯、二氯乙烷(C2H4CI2)、 福尔马林-过锰酸钾等 注意: 操作人员的安全防护、环保要求、熏蒸前现场 密闭、熏蒸后毒气排放 二、动物标本规范管理 标本杀虫灭菌 化学药剂消杀: 喷雾、喷洒:直接将灭虫药剂通过小型喷雾器具喷在 标本上,或直接涂抹在标本上,以达到 杀虫效果 常用药剂:溴氰菊酯、敌百虫、二甲苯、锌硫磷、 家用喷雾杀虫剂(拟除虫菊酯)等 自然挥发:通过杀虫、驱虫剂的自然挥发 常用药剂:樟脑块、风油精、植物精油如桉叶油、 留兰香油和橘油 二、动物标本规范管理 标本杀虫灭菌 生物防治: 生长调节剂:昆虫保幼激素类似物 灭幼宝、烯虫酯——嗜虫书虱 昆虫性信息素:将昆虫性信息素浸到一定的载体内做成 诱芯,放到诱捕器内,将诱捕器置于库 内进行诱杀防治 二、动物标本规范管理 标本杀虫灭菌 生物防治: 植物性杀虫剂:糖甙、苯酚、醌、生物碱、萜烯、甾族、 木聚糖和多炔等几大类 灵香草等植物提取液制成的混合制剂对黑毛皮蠹、花 斑皮蠹有较强的驱避、滞育和熏杀作用 印楝中分离出来的印楝素杀虫范围广,对10 目200 多 种仓储害虫具有显著拒食和抑制生长发育作用 病源微生物: 苏云金杆菌 Bacillus thuringinsis (Bt) 白僵菌 Beauveria bassiana 二、动物标本规范管理 标本防虫原则:“预防为主,综合防治” 基本途径:  通过采取入库检疫、监测和清洁卫生防治来 禁止和消灭新害虫的传入和蔓延,防止已 发生的害虫蔓延;  通过改变生态环境来创造不利于害虫生长、 发育和繁殖的环境,包括控制温湿度、氧 气含量等;  当害虫发生后,要采取有效措施,如冷冻杀 虫、气调杀虫、化学熏蒸等,以减少和消 灭害虫,控制其扩大危害。 二、动物标本规范管理 标本入库 标本保藏与摆放: 根据标本的保藏方式、大小、性质等,放入相应的保 藏器具,对液浸标本添加相应的保藏液 标本的摆放通常有两种方式: 按照类群名称的字母顺序:便于查找,但名称的多 样性会带来麻烦 按照分类系统:体现科学性,但分类系统会变动 在科级及以上阶元按照分类系统排列 科级以下阶元可以按照属种字母顺序排列 应考虑给增量标本预留空间 二、动物标本规范管理 标本日常维护 巡查:定期或不定期的安全检查 液浸标本保存液是否充足 干制标本有无虫蛀、霉变,保藏器具里有无 活虫、虫卵、虫粪 注意窗台等位置(害虫的趋光性) 信息完善:物种鉴定信息更新、补充 分类研究的成果 采集信息更正、补充 标本借阅、交换、赠送、损耗等登记 --- 二、动物标本规范管理 标本日常维护 空间调整:分类研究对隶属关系的调整 分类鉴定研究 新增标本空间调整 --标本整理、制作、修复:未制作标本的整理、制作 未鉴定标本的整理 损坏标本的修复 突发事件的处理:消防、虫害、霉变、仪器设备、人员 安全等 应有应急预案 二、动物标本规范管理 标本借阅 资格:根据借阅目的、用途、方式,以及借阅人的专业水准、 以前的借阅信誉等,确定是否同意借阅,能借阅哪些 标本,可以借阅多少,借阅多长时间,以什么方式借 阅等 手续:外单位人员一般应携带单位介绍信,或证明其身份及 借阅事项的其他证明材料 外单位临时工作人员 (如研究生)需持其主 管领导(如导师)签字 的介绍信 进入标本馆储藏区域, 采取登记手续 二、动物标本规范管理 模式标本:对本类群有一定研究水平和成果的专家 正模一般不外借出馆 脊椎动物模式标本一般不外借出馆 特殊标本:应符合相关法规要求 利益分配、知识产权 普通定名标本:可以面向专家用于研究比对、采集信息 初学者熟悉特征(标本安全) 应用部门核对标本、采集信息 无脊椎和昆虫标本外借出馆,应有数量限制(例如每 人每次不超过50号),且须归还上次外借标本后, 才能同意下一次外借标本出馆 脊椎动物标本原则上不外借出馆 二、动物标本规范管理 未定名标本:鼓励专家借阅未定名标本,对其进行分类鉴定 应明确要求专家在鉴定标本时,按照标本馆要求或类群同 行做法,添加标本鉴定签 无脊椎和昆虫标本外借出馆,应有数量限制(例如每人每 次不超过50号),且须归还上次外借标本后,才能 同意下一次外借标本出馆 脊椎动物标本原则上不外借出馆,但为鉴定物种,可少量 外借出馆 从标本提取组织: 模式标本不允许提取组织 可根据标本馆藏数量、珍稀程度等决定是否同意提取组 织。提取组织需办理相关的审批手续,提交书面承诺保证 提取组织应以最大限度减少对标本损伤为原则 二、动物标本规范管理 标本借阅注意事项: 确保标本安全 互惠互利 借阅的目的 跟踪标本借阅后续研究成果 事前约定知识产权、利益分配、是否收费、借阅方式 借据 借期 及时催要 续借 黑红名单 标本运输 出入境规定 二、动物标本规范管理 标本交换与赠送 标本交换要有明确的目的,坚持对等原则 因合理理由,可开展标本赠出 欢迎外单位和个人向标本馆赠送标本,标本馆应向捐赠 机构和个人出具接受凭证,并予以感谢 注意事项: 符合相关法规 维护国家利益 信息的完整与准确 完备的手续 二、动物标本规范管理 中科院动物所国家动物博物馆标本馆进馆要求: 1、标本楼内严禁烟火; 2、禁止在标本储藏区吃东西; 3、禁止将活体标本带入标本储藏区; 4、进入标本储藏区主动登记; 5、借出标本主动登记; 6、归还标本必须告知管理员; 二、动物标本规范管理 7、对于干制标本,无论新采集的、新制作的标本还是借 阅后归还的标本,均必须由管理员对标本进行杀虫、 灭菌处理后才能进入储藏区; 8、不得私自涂改、损毁、更换标本标签; 9、爱护保藏器具,不得挪作他用; 10、检视非本组研究用标本前,必须经管理员批准; 11、不得从模式标本上提取DNA。 二、动物标本规范管理 中科院动物所国家动物博物馆标本馆进馆注意事项: 1、尊敬标本管理员,服从他们的管理; 2、爱护标本,轻拿轻放; 3、发现标本有虫蛀、霉变、严重残缺、保存液干涸等现 象时,请及时告知标本管理员; 4、 采集标本时必须做好采集记录,向标本馆移交标本时, 连同采集记录(包括纸质和电子版)一同移交。 进馆要求和注意事项 外单位科研人员进馆注意事项: 1、外单位人员来馆须携带单位介绍信,研究生来馆需导师 在介绍信上签字确认; 2、应提前与标本管理员预约来馆时间,告知检视类群、数 量、停留时间。如动物所有专家研究所检视标本类群,请 提前与该专家联系征得同意; 3、不得从标本上提取DNA; 4、借用标本按照规定办理手续,并按时归还或办理续借手 续,给定名标本添加正式的物种鉴定签; 5、如有论文发表,请对标本馆进行致谢,并向标本馆提交 论文抽印本(纸质或PDF)。 三、动物标本数字化 必要性  全球生物标本数字化是传统生命科学领域中的创新研究, 是生命、信息和计算机科学前沿交叉融合的基础性研究  动物标本资源共享是现代动物科学发展的必然要求和重要 标志,是促进科技进步、拓展学科视野的现实有效的途径  标本数字化也是提升标本管理水平,充分发挥标本价值的 有效手段 三、动物标本数字化 需求分析 战略需求 国家对资源的掌 国家生物与生 国家需求 握与可持续利 态安全需求 用的需求 避免国家的经费 重复投入与重 复建设的需求 科学研究的需要 公众科学知识普及的需要 标本管理者的需要 三、动物标本数字化 国外的诸多重要 博物馆都很重视 标本的整理和共 享 西方发达国家早在上世纪70年代就开始了建立此类大型数 据库的尝试,并注重研讨和制定有关标本收集、整理和保存 的标准及规范 目前国际上相关物种与标本网站有数百个,几乎所有的重 要博物馆都有自己的信息网站。从中可以方便地查询标本收 藏情况和分类研究进展 三、动物标本数字化 动物标本子平台平台简介 ——2003年开始建设 ——包括六个子平台  先后有29家成员单位参加建设  涵盖动物标本2000余万号,占全国动物标本收藏2/3以上  已整合共享235万号  每年度新增标本40-50万号,包括部分国外标本 平台网站: http:// museum.ioz.ac.cn/index.aspx 三、动物标本数字化 规范制定  制定了46项动物标本共性描述标准与规 范;22项个性描述标准与规范;  出版《动物标本采集、保藏、鉴定和信 息共享指南》 对动物标本从采集、整理、保存到研究使用 及信息化所做的大规模的学科性总结和规范 1.昆虫标本整理、保存规范 2.昆虫标本质量(标本/记录)评价标准 3.昆虫标本描述与鉴定规范 4.昆虫描述术语标准 5.鱼类标本采集、整理与保存规范 6.鱼类标本质量(标本/记录)评价标准 7.鱼类描述术语标准 8.两栖类标本采集、整理与保存规范 9.两栖类标本质量(标本/记录)评价标准 10.爬行类标本采集、整理与保存规范 11.爬行类标本质量(标本/记录)评价标准 12.鸟类标本采集、整理与保存规范 13.鸟类标本质量(标本/记录)评价标准 14.鸟类标本描述与鉴定规范 15.鸟类描述术语标准 16.鸟类物种描述规范 17.兽类标本采集、整理与保存规范 18.兽类标本质量(标本/记录)评价标准 19.无脊椎动物标本整理、保存规范 20.无脊椎动物标本质量(标本/记录)评价标准 21.昆虫标本数据库建设规范 22.脊椎动物标本数据库建设规范 23.无脊椎动物标本数据库建设规范 24.动物分类文献库建设规范 25.动物专家库(命名人/采集人/定名人库)建设规范 26.动物标本信息共享机制及数据质量控制与维护规范 1. 鸟类鸣声样品采集与描述标准 2. 洞穴鱼类野外采集、整理规范 3. 洞穴鱼类整理保存及描述规范 4. 土壤节肢动物采集、整理与保存规范 5. 寄生性昆虫采集、整理、保存及描述规范 6. 多型性昆虫采集、整理、保存及描述规范 7. 外来入侵昆虫信息收集与描述规范 8. 昆虫化石标本采集、整理与保存规范 9. 昆虫化石标本描述与鉴定规范 10. 海洋爬行动物采集、整理、保存及描述规范 11. 动物分子信息采集、管理与使用规范 12. 洞穴无脊椎动物采集、整理、保存及描述规范 动物 获取标本 相关信 息收集 技术路线 动物标本 野外初步整理 动物标本整理 、描述与鉴定 、保存标准化 整理、加工、鉴定 动物标本的 数字化实现 实物标本库 标本数字化 信息库 标本实物共享 自动化系统 信息共享系统 动物标本信息系统建设流程图 确定类群 标本的规范化整理 抄录标本信息 标本图像采集 录入前数据校正 录入标本和物种信息 录入后数据校正 整合及剔除不合格数据 数据库构建 共享、应用 三、动物标本数字化 根据数据特点和目的,动物标本数字化信息数据库可划分为  标本数据库:对标本实物及相关信息进行数字化处理,构建 数据库  物种数据库:将动物标本经分类学鉴定后所属物种的相关信 息构建数据库  文献数据库:与标本实物或物种研究有关的文献资料数字化 整理后构建数据库  专题数据库:针对某一需求,综合相关信息数据,构建数据 库  ---- 三、动物标本数字化 标本数据库:动物类群不同,数据库的数据结构略有不同 基本信息: 编号:可以根据通用的原则,如物种ID,或者实际需要 唯一性 标本号: 采集号: 玻片号: 科名: 标本属性:普通或模式标本(正模、副模、---) 性别: 国家: 产地: 三、动物标本数字化 基本信息: 采集日期: 采集人: 经纬度: 海拔: 山脉:对于采集地行政区划不明或不能概况是使用,例如 四川峨眉山 采集方式: 保藏状况:是否良好?否则应写明具体状况,如“破损”、 “无标签”、--保藏方式:保藏方式:干制、液浸、玻片、--保藏位置:在标本馆中保藏的具体位置 标本馆:本信息及标本归属的标本馆 三、动物标本数字化 基本信息: 鉴定人: 鉴定日期:鉴定人对本号标本鉴定到物种的日期 录入人:本条记录的录入人 中名: 属名: 种本名: 亚种名: 作者: 发表年代: 科名: 三、动物标本数字化 测量与备注信息: 个体数量:1号标本有多个个体的情况,例如蚜虫 虫态:昆虫和无脊椎动物 体重:脊椎动物 体长:脊椎动物 其他测量值:脊椎动物,如翅长、尾长、跗趾长、前臂长、 后足长、吻长、--虹膜颜色:脊椎动物活体时 嘴色:脊椎动物活体时 脚色:脊椎动物活体时 生殖腺:脊椎动物生殖腺发育程度 三、动物标本数字化 影、像、声信息: 照片:标本照片,整体或局部;标本在生活状态时拍摄的 生态照片和生境照片 图片:依据标本绘制的物种鉴别特征图 录像:标本在生活状态下录制的影像 鸣声:标本在生活状态下录制的鸣声 三、动物标本数字化 其他信息: 标本来源:本馆采集、交换、赠送、购买、--山脉: 河湖海名称:水生类群,特别是运动能力强的水生类群 水深:水生类群采集位置的水深 寄主:植食性或寄生生活的类群 寄生部位:寄生生活的类群 三、动物标本数字化 三、动物标本数字化 三、动物标本数字化 三、动物标本数字化 三、动物标本数字化 物种数据库: 基本信息: 编号:物种ID,唯一性 中名: 亚种中名: 属名: 种名(即种本名): 亚种名: 作者: 年代: 科名: 三、动物标本数字化 分类系统与引证信息: 原始属名:如果属级阶元有变动 模式产地:模式标本的产地 原始文献:新种描述报道的文献 重要参考文献:与本种有关的重要参考文献 三、动物标本数字化 鉴定与描述信息: 描述:对该物种形态特征的描述 备注: 资料来源: 三、动物标本数字化 地理分布及其他信息: 国内分布: 国外分布: 动物地理区: 海拔上限: 海拔下限: 寄主: 保护级别: CITES公约级别: 濒危级别: 居留状态: 三、动物标本数字化 影、像、声信息: 生态照片:该物种个体在野外生活时拍摄的照片 生境照片:适宜该物种个体在野外生活的生态环境照片 标本图片:鉴定为该物种的标本照片、特征图片等 分布地图:标识有该物种自然分布地理点或区域的地图 活体录像:该物种在生活状态下拍摄的录像 鸣声:发声动物在自然状态下发出的鸣叫录音 三、动物标本数字化 三、动物标本数字化 三、动物标本数字化 三、动物标本数字化 三、动物标本数字化 三、动物标本数字化 文献数据库: 文献编号:ID,唯一性 作者: 发表/出版年代: 题目/书名: 期刊/出版社名:全称或通用的缩写 起止页码: 保藏位置:纸质——空间位置,电子——储存位置 备注: 三、动物标本数字化 专题数据库: 根据目的、需求,对已有数据进行梳理、整合、完善、 补充,将数据综合处理形成的数据库 三、动物标本数字化 三、动物标本数字化 数字化工作中的注意事项 数字化的目的: 方便管理 / 数据共享 / 挖掘价值 / 科学传播 / 宣传 / --根据目的规划数字化工作的原则、内容、流程等 基本原则: 1. 标本的安全 2. 信息的真实、如实 3. 数据的安全 4. 可追溯性 三、动物标本数字化 数字化工作中的注意事项 类群的选择: 应该包括所有标本 挑选条件成熟的类群: 标本的完好性、相关信息的完整度、物种分类鉴 定情况、专家力量、人财物、--- 三、动物标本数字化 数字化工作中的注意事项 组织工作 人财物的配备: 人员:专家、标本管理人员、数据采集和录入人员、 图像采集人员、数据技术人员、--设备:空间、计算机、服务器、图像采集设备、保藏 空间和器具、--- 软件:文献信息来源、录入软件、数据库构建软件、 服务器软件、----制定工作流程 人员培训 三、动物标本数字化 数字化工作中的注意事项 标本规范化整理: 专家:物种鉴定、学名拼写、分类系统等的审核 标本管理员:标本保藏状况、空间安排 每一号标本赋予唯一的标本号,并添加标本 号签 文献信息的收集,纸质版本的数字化处理 三、动物标本数字化 数字化工作中的注意事项 抄录标本信息: 认真、负责、如实 疑问的解决:专家、原始记录、文献、--- 可追溯的流程:格式表格、签名、 三、动物标本数字化 昆虫标本信息记录表 三、动物标本数字化 昆虫模式标本信息记录表 三、动物标本数字化  标本整理、鉴定 三、动物标本数字化  每号标本赋予一唯一的标本号 三、动物标本数字化  对手写体的、不规范的、残破的标签进行整理 三、动物标本数字化  通过标本信息记录表、采集本、卡片及大帐核对标本信 息,并将信息录入数据库 三、动物标本数字化 数字化工作中的注意事项 数据校正: 录入前、后对抄录和录入的数据进行校对,包括录入 人员的自我核对、专家的审核、数据管理人员的审核 三、动物标本数字化  各环节人员对数据进行认真校对 三、动物标本数字化 三、动物标本数字化 完成了标准化整理后的馆藏标本 昆虫标本 三、动物标本数字化 完成了标准化整理后的馆藏标本 鱼类标本 无脊椎动物标本 完 成 了 标 准 化 整 理 后 的 馆 藏 标 本 鸟 类 标 本 三、动物标本数字化 数字化工作中的注意事项 标本图像采集: 目的:以图像方式记录标本的真实存在、特征及其相关信 息,包括对标本本体进行图像采集,以及对标本相 关信息进行图像采集 藏品本体的图像采集: 标本整体图像:需将标本本体全部纳入图像画幅之中,如有 可能,可将与其相关的采集标签、鉴定标签 等一并纳入图像画幅,并可拍摄其在储藏区 域的位置 三、动物标本数字化 数字化工作中的注意事项 标本局部特征图像:应凸显该藏品或物种的特征细节。需要 专家参与和指导 在对藏品本体进行图像采集时, 应根据藏品的颜色和保藏方式, 选择颜色反差较大的背景材料, 并附以大小适度的标尺,显示 藏品尺寸 三、动物标本数字化 数字化工作中的注意事项 标本图像采集: 标本相关信息的图像采集: 对标本相关的非电子化信息记录进行图像采集,包括标 本编号标签、采集信息标签、鉴定信息标签、原始大帐、物种 分布图等 标本相关信息的图像应能清晰辨认信息载体上的字符 藏品图像质量:标本图像应以能够准确反映标本的真实存在、 易于辨识为目的,构图美观、合理,对焦清晰 图像分辨率不低于1200万像素 三、动物标本数字化 数字化工作中的注意事项 图像数量:标本本体图像的采集需根据藏品的类别和保藏方 式来确定图像数量 对于较为平整的标本,可拍摄1-2幅图像,对于立体性较 强的标本,需从不同角度拍摄3-5幅图像 如拍摄标本本体将与其相关的采集标签、鉴定标签等一并 纳入图像画幅,可拍摄1-2张图像,另可拍摄显示标本 在储藏区域位置的图像1-2张 拍摄标本局部特征时,应根据标本的类别具体确定拍摄数 量,一般不少于2张,但也不建议过多 拍摄标本相关信息的图像时,可将所有标签摆放在一起拍 摄1-2张图像,也可逐张拍摄 三、动物标本数字化 数字化工作中的注意事项 图像采集手段: 常规摄影相机拍摄 放大显微拍摄 超景深图像采集系统 扫描电镜 --图片叠加、修图、--注意:图像文件的编号(标本编号) 三、动物标本数字化 图像采集工作流程: 由专家挑选照相标本 专门管理人员部分照 相;特小或特殊的标 本聘请专业昆虫摄影 人员或技术人员负责 照相 图象数据定期上报,由 数字化分馆的网络工程 师负责汇总、备份及后 期处理,以便达到存储 与共享的双重目的 所有照片先由管理 人员审核,再请专 家审核,签字认可 三、动物标本数字化 三、动物标本数字化 标本图像审核单 三、动物标本数字化 动物标本图像 利用图像采集系统多重取样获得的螨类标本图片与标本玻片 三、动物标本数字化 半翅目昆虫:侧面、头前面、背面 双翅目昆虫:标签,标本侧面、背面、 翅 三、动物标本数字化 2015年度工作报告 鞘翅目昆虫:背面、头部、腹面 三、动物标本数字化 微小昆虫:侧面、背面、头部。超景深显微系统,放大50100倍 三、动物标本数字化 2015年度工作报告 鱼类、两栖类、爬行类、鸟类、兽类 三、动物标本数字化 数字化工作中的注意事项 数据库的维护: 不断完善数据库信息内容,提高数据库质量,确保数据安 全 根据工作进展,择机对标本相关信息的变动相对应地在数 据库中进行修改、完善。及时补充与标本相关的研究成果 应不断提高各数据库之间的关联! “牵一发而动全身” 三、动物标本数字化  对信息数据实行分层管理 管理人员 自查 数据采集 数据录入 自查 抽查 审核 专家审核 数据库内信息 定期备份 移动硬盘,刻录光盘 定期汇总上报 备份、汇总 再次备份、审核 由网络工程师 负责 四、动物标本信息共享 共享方式:零共享、可共享两类 零共享: 对于那些由于共享而可能会对国家安全、政治、军事、 经济利益产生威胁的动物标本及数据,应采取零共享 例如:重大外来物种入侵的标本及其信息 重大疫情的疫源动物标本及其信息 我国尚未公开的有害动物标本及其信息 --- 四、动物标本信息共享 零共享: 对这类资源的判定,应依据国家或部门的相关法律、法 规、制度,以及各专业领域专家的意见 对于特别重要的资源信息,可由政府出面,或由政府委 托有关机构给予严格的保密和保护措施 四、动物标本信息共享 零共享: 对于一些涉及本单位重大利益,标本拥有方不愿与社 会共享,而且根据国家有关规定可以不共享的资源信息, 对这些动物标本信息可以在一定期间内采取零共享 零共享的保障措施:  制定严格的保密制度;  信息储藏的物理隔离;  专人负责;  责任追究制度。 四、动物标本信息共享 可共享: 除零共享以外的标本资源,鼓励在一定原则和机制下采 用各种共享方式最大程度地发挥其科学价值和社会效益 分为: 无条件共享:没有如何附加条件的共享 有条件共享:标本拥有者在相关法律、法规、政策允 许范围内,在提供共享时,对使用标本 信息者提出附加条件 四、动物标本信息共享 无条件共享: ! 国家意志的无条件共享 由于国家应对突发事件、开展科研工作或开展重大外 交活动时,标本拥有者或保藏单位遵照国家意志,必须无 条件提供动物标本或信息 共享对象和范围由国家指定 四、动物标本信息共享 无条件共享:  资源拥有者自主决定的无条件共享 标本拥有者在符合相关法规的前提下,将动物标本或 信息无条件的提供出来共享。 共享资源由标本拥有者决定 提供共享发生的费用由标本拥有者承担,或由使用者 承担,或双方协商承担 共享对象和范围主要面向共享会员以及非盈利机构和 用于研究用途的合作伙伴 四、动物标本信息共享 有条件共享: 1. 合作研究共享 共享双方为开展合作研究,将动物标本实物和(或)信 息作为研究的对象或基础,有合作双方事先协商,对合作 研究的成果和利益分享达成协议,然后实施共享 共享对象和范围: 所有能够开展合作研究的国际组织、国家和国内的单位 与个人 四、动物标本信息共享 有条件共享: 2. 委托共享 标本提供方因某种目的需要,向他方提供资源,被委 托方对标本进行鉴定、评价或其他特定研究 标本提供方所提供的标本和信息应满足被委托方顺利完 成委托任务的需要,被委托方应严格遵守标本提供方的要 求,对标本仅具有使用权,无拥有权、支配权 共享对象和范围:所有能够承担委托任务的单位和个人 四、动物标本信息共享 有条件共享: 3. 互换共享 标本拥有者拿出自己的部分标本或信息,向其他标本 拥有者交换所需要的标本或信息 4. 有偿共享 在相关法规允许范围内,在一定的定价原则下,标本 拥有者以收取费用为条件,向使用者提供标本信息服务 在开展共享之前,共享各方应在符合相关法规的前 提下,就共享资源的权属、安全、方式、时间、费 用、利益分配、违约后果等进行商讨,达成协议 四、动物标本信息共享 共享形式: 实物共享、信息共享两类 实物共享: 使用者实地检视或借出标本实物,或交换标本实物 实物共享一般允许使用者拍照、记录标本信息,描述 标本的特征,并允许使用者在以后的科研活动中使用这些 信息和照片 应事先约定: 是否允许解剖 是否允许提取DNA信息 如果发表新种,模式标本的归属分配 特殊标本是否允许拍照 借出标本的归还日期 四、动物标本信息共享 信息共享: 数据库检索、查询:分级 第一级:公众级。完全对外开放的信息,任何人均可查询 第二级:会员级。本专业研究人员结果注册验证,可以查询 更多内容的信息 第三级:合作专家级。为研究某个具体动物类群的专家、建 议书提供信息服务,可包括该类群比较完整的信息设置全 部信息。一般不授权使用者直接修改、更新数据库内容 第四级:专家级。对某个动物类群聘请一名权威专家,给予 其全部使用该类群信息的权力,并具有修改权限。此级专 家在共享信息的同时参与维护数据,并对其他共享级别或 行为提出建议 四、动物标本信息共享 信息共享: 资料下载: 各共享级别的用户可以下载其获得的共享资源 在服务器端(资源源点)应设置监控,对超出正常使用的 下载采取必要的措施,如限制、警告、拒绝、取消权限等 四、动物标本信息共享 信息共享: 图片浏览及有偿使用: 网上共享的图片可根据用户级别不同,在图片数量、质量 方面区分对待 公众级的一般满足浏览即可,大小在320X240-640X480像 素,必要时可在图片上加水印,以保证未经授权不能够在正 式科学出版物或商业广告用途使用 为展示资源的真实面貌,可存将少量图片以高像素、高质 量提供浏览 使用者可向资源拥有者提出共享申请,资源拥有者根据具 体情况与申请人协商,达成共享 四、动物标本信息共享 信息共享的局限性: 数字化信息资源传播快、可复制、易于共享,拓展了实物 标本发挥价值的途径和方式 自身的局限性,不能替代实物标本  信息采集受时间、看见和技术手段的限制,无法获得标本的全 部信息  随着新的研究手段的发展,对物种及物种的载体——标本的研 究与认识不断深入,数字化的信息大大滞后于这种进度  根据《国际动物命名法规》,命名一个物种必须指定模式标本, 模式标本是这个物种的分类地位、鉴定正确与否、名称能否 成立等一切与该物种有关的问题的最终裁判。模式标本数字 化信息只能指明该模式标本形态、保藏地点,完全没有命名 法规中对模式标本的定义和功能 参考书 伍玉明等编著 2010 生物标本的采集、制作、保存与管理 科学出版社421页 薛大勇主编 2010 动物标本采集、保藏、鉴定和信息共享 中国标准出版社 442页 感谢: 科技部 中国科学院 中国科学院动物研究所 国家动物博物馆标本馆全体同仁 谢谢大家!

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