Materials Studio的安装与并行计算使用手册.pdf 
Materials Studio的安装与并行计算使用手册.pdf
Materials Studio 软件的安装与并行计算使用手册 张运动 zhangzyd@ustc.edu.cn 中国科技大学 超级计算中心 2012-07-26 一、 安装前说明: 1. 中国科技大学超级计算中心（以下简称超算中心）服务器的操 作系统多为 CentOS x86_64 Linux 系统，无任何版本的 Windows 系统环境提供计算。计算用户在安装 Materials Studio 软件时请 选择使用相应的 linux 版本软件以及对应的软件许可。 Materials Studio 软件不支持 AIX 系统，因此不可在超算中心的 IBM-JS22 刀片服务器上安装使用。 2. 计算用户在超算中心服务器系统上安装使用 Materials Studio 软件之前，应对计算软件本身以及 Linux 系统的基本命令、LSF 作业管理系统的使用有所学习了解。 3. 超算中心禁止用户以客户端/服务器端的模式使用 Materials Studio 计算软件，本手册主要介绍 Materials Studio 软件在 CentOS 系统的命令行模式下的安装、配置以及协同 LSF 作业管 理系统的命令行提交方法。 二、 测试环境介绍： 以超算中心刀片及胖节点服务器系统上，个人计算用户 zhangzyd 安装软件为例说明，其他计算用户在超算中心其他服务器系统上安装 Materials Studio 软件时可参考执行。 操作系统： CentOS release 6.2 x86_64 GNU/Linux 编译器： Intel v12.1.3、PGI v10.6、GCC v4.4.6 等 C/C++、Fortran 编译器 数值函数库： Intel MKL 等 并行环境： Open MPI，支持 MPI 并行程序 作业管理系统： Platform LSF 系统用户使用指南： 刀片及胖节点服务器用户使用指南 测试安装软件： Materials Studio6.0 三、 软件安装： 1. 在个人计算账号下建立 soft 文件夹作为软件安装文件的存放目录， 并将软件安装包 Materials Studio60.tar 以及软件许可 msi.lic 上传至 soft 文件夹下。 [zhangzyd@sugon ~]$ mkdir soft 上传文件后： [zhangzyd@sugon ~]$ cd soft [zhangzyd@sugon soft]$ ls MaterialsStudio60.tar msi.lic 2. 解压缩文件 Materials Studio60.tar 得到 Materials Studio60 文件目 录，进入 Materials Studio60 文件目录开始安装。 [zhangzyd@sugon soft]$ tar -xvf MaterialsStudio60.tar [zhangzyd@sugon soft]$ ls MaterialsStudio60 MaterialsStudio60.tar msi.lic [zhangzyd@sugon soft]$ cd MaterialsStudio60 [zhangzyd@sugon MaterialsStudio60]$ ls Info install lib LicensePack msi.lic README_Materials_Studio.htm rpms 执行安装命令./install 并导入软件许可。MS 软件 6.0 版本之前只 能以非 root 身份用户安装，6.0 版本之后可以 root 身份安装到统一共 享的路径使用。安装过程中均默认即可，会在个人账号根目录下生成 Accelrys 目录。执行命令： [zhangzyd@sugon MaterialsStudio60]$ ./install 。。 。。 。。 。 。。 。 。。 。。 。 。。 。 。。 。 。。 。。 。。。 。。。 。。。 。。。 。。。 。(均默认安装即可) [zhangzyd@sugon ~]$ cd [zhangzyd@sugon ~]$ ls Accelrys/ LicensePack MaterialsStudio6.0 若安装开始时，遇到“Bundled JRE is not binary compatible with host OS/Arch or it is corrupt. Testing bundled JRE failed.”的错误提示， 请安装一下 glibc 的 32 位库文件。 超算中心禁止用户使用客户端/服务器端模式使用 Materials Studio 软件，因此软件安装完成后，请将 gateway 进程停用： [zhangzyd@sugon ~]$ Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/Gateway/gwstop 导入软件许可： [zhangzyd@sugon~]$ Accelrys/LicensePack/linux/bin/lp_install soft/msi.lic 3. 软件及环境变量配置： 编辑文件 gw-info.sbd 将其中 cpucorestotal 参数以及 gwparams.cfg 文件中 gw_cpucorestotal 参数均设置为系统全部 CPU 总核数 1528。 其他系统上此处配置请设置为当时系统的 CPU 总核数。 $ cd ~/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/Gateway/root_default/dsd/conf/ [zhangzyd@sugon conf]$ vi gw-info.sbd 设置 cpucorestotal=1528 后，保存退出。 [zhangzyd@sugon conf]$ vi gwparams.cfg 设置 gw_cpucorestotal=1528 后，保存退出。 LSF 作业管理系统协同设置： [zhangzyd@sugon ~]$ cd ~/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/Gateway/config/ [zhangzyd@sugon config]$ ./configure queue -queuepath LSF/dsd_lsf –activate ---------- Queue name = Platform LSF HPC 6.0 for Linux Queue configuration complete 编辑文件.bashrc，设置环境变量参数： [zhangzyd@sugon ~]$ vi ~/.bashrc 添加如下几行： . ~/Accelrys/LicensePack/etc/lp_profile export MS_INSTALL_ROOT=$HOME/Accelrys/MaterialsStudio6.0 export PATH=$PATH:$MS_INSTALL_ROOT/etc/CASTEP/bin LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MS_INSTALL_ROOT/lib:$MS_INSTALL_ROOT /lib/32 export LD_LIBRARY_PATH export CASTEP_TMP=/tmp 保存退出后，重新登录系统，或执行： [zhangzyd@sugon ~]$ source ~/.bashrc [zhangzyd@sugon ~]$ which RunCASTEP.sh ~/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh [zhangzyd@sugon ~]$ RunCASTEP.sh 命令在以后提交作业时可直接使用，不必再写完整路径。 四、 作业输入文件: 以 CASTEP 模块输入文件为例: 1. 打开 Materials Studio6.0 客户端软件界面，建立相关模型，并在 Castep 的 Calculation 对话框中设置相关的参数； 2. 在 Calculation 对话框中选择 File ->Save Files，此时在 Project Explorer 中生成一个新的文件目录，其中包含了使用命令行运行 Castep 的 输入文件； 3. 使用 Tools –>File Transfer 功能将第 2 步产生的新目录内文件上传到 服务器上，准备计算。计算完成后，亦可使用 File Transfer 功能将 计算结果文件下载至工作目录内。上传和下载的时候，请确认是 在工作目录内，否则传得文件会不正确。 五、 测试计算： 将计算所需输入文件上传到服务器上之后，使用命令 RunCASTEP.sh 提交作业，其参数设置说明可使用 RunCASTEP.sh -h 命 令查看。 提交作业命令： [zhangzyd@sugon ~]$ RunCASTEP.sh -q normal -np 12 seedfile -q 指定使用 normal 队列，可根据系统上队列设置以及计算需要指定 为其他队列 -np 指定提交的作业使用的进程数，可根据队列设置以及计算需要指 定为其它数值 seedfile 请替换为自己实际提交计算作业时的种子文件名 作业提交完成后，可使用 LSF 作业管理系统的 bjobs 等相关命令 查看作业的详细信息或 ssh 到作业计算节点上查看作业是否已在并行 计算。 计算产生的结果文件会生成在提交作业的目录下，若计算结果存 在异常，可根据生成的 Castepexe.log、std.err、std_out.txt、stdout.txt 等文件分析产生异常的原因。 六、 其它计算模块说明： MaterialsStudio6.0 软件中其他模块体系的计算，例如 Dmol3 等， 安装以及配置过程均可参考以上方法执行操作。 七、 致谢： 手册编写过程中，得到了中国科学技术大学材料科学与工程系傅 正平老师的诸多指导和帮助，在此深表感谢！