程序安装简介.pdf
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程序安装简介 李会民 hmli@ustc.edu.cn 中国科学技术大学 超级计算中心 2016-5-27 . 李会民 (中国科大超算中心) 程序安装简介 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2016-5-27 . . . . . . 1 / 10 . 应用程序的编译与安装简介 应用程序一般有两种方式发布： 二进制方式：用户无需编译，只要解压缩后执行安装程序或设置相 关环境变量等即可。如Gaussian1 源代码方式： 用户需要自己编译，且可按照需要修改编译参数以编译成最适合自 己的可执行程序，之后再设置环境变量等使用，如VASP2 源代码编译时经常用到的编译命令为make，编译配置文件 为Makefile或makefile，请查看make命令用法及Makefile文件说明 应用程序一般都有官方安装说明，建议在安装前，首先仔细查看一下， 如到其主页或查看解压缩后的目录中的类似：README、INSTALL、 doc等类似文件或目录。 1 Gaussian：http://www.gaussian.com/，国内用户只能购买已编译好的二进制可执 行文件，有些国家和地区能购买到源代码 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 VASP：http://www.vasp.at/ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 李会民 (中国科大超算中心) 程序安装简介 2016-5-27 2 / 10 二进制程序的安装 以二进制方式发布的程序，安装相对简单，一般只要解压缩后设置好环 境变量即可，以Gaussian09为例： 将压缩包复制到某个地方，如/opt 解压缩：tar xvf gaussian09.tar.gz3 设置环境变量：修改~/.bashrc，添加： ##Add␣for␣g09 export␣g09root=‘‘/opt’’ export␣GAUSS_SCRDIR=‘‘/tmp’’ .␣$g09root/g09/bsd/g09.profile ##End␣for␣g09 刷新环境设置：. ˜/.bashrc或重新登录下。 3 当前主流Linux系统，tar命令已能自动识别.gz和.bz压缩，无需再添加z或j参数。 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 李会民 (中国科大超算中心) . 程序安装简介 . . . . . . . . . . . . . . . 2016-5-27 . . . 3 / 10 . 源代码程序的安装 I 源代码发布的程序安装相对复杂，需了解所采用的编译环境，并对 配置等做相应修改（主要修改编译命令、库、头文件等编译参数） 主要步骤一般为 查看主页等帮助 解压缩：tar xvf appsrc.tar.gz 进入解压缩的目录查看是否有README、INSTALL和doc等类似文件 和目录，有的话先查看 有configure文件的话，可以./confugure -h看看帮助及选项 生成配置：./confugure [OPTION]... [VAR=VALUE] 修改生成的Makefile等文件 编译：make 安装：make install 每种软件的具体安装步骤不一定相同，务必要看对应说明 . 李会民 (中国科大超算中心) 程序安装简介 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2016-5-27 . . . . . . 4 / 10 . 源代码程序的安装 II 一些在confugure、Makefile中常见变量： –prefix：安装到的目录前缀 CC：编译C源文件的编译器命令 CLAGS：C程序编译参数 CPP：预处理参数 CXX：编译C++源文件的编译器命令 CXXFLAGS：C程序编译参数 F77：编译Fortran77源文件的编译器命令 F90：编译Fortran90及以后源文件的编译器命令 FC：编译Fortran源文件的编译器命令 FFLAGS：Fortran编译参数 INCLUDE：头文件参数 LIB：库文件参数 LINK：链接参数 OFLAG：优化参数 . 李会民 (中国科大超算中心) 程序安装简介 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2016-5-27 . . . . . . 5 / 10 . Open MPI安装 查看安装说明：http://www.open-mpi.org/doc/ 解压缩文件：tar xvf openmpi-1.10.1.tar.gz 查看说明：README、INSTALL、doc等文件或目录 查看configure选项：./configure -h 生成默认配置文件： ./configure --prefix=/opt/openmpi-1.10.1 FC=ifort CC=icc CXX=icpc 查看修改生成的Makefile、Makefile.am、Makefile.in 编译：make 安装到指定目录：make install 设置环境变量：比如在~/.bashrc中设置安装后的可执行程序目录在 环境变量PATH中： export␣PATH=$PATH:/opt/openmpi-1.10.1 . 李会民 (中国科大超算中心) 程序安装简介 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2016-5-27 . . . . . . 6 / 10 . VASP程序安装 I 查看安装说明：http://www.vasp.at/index.php/documentation 解压缩文件： tar xvf vasp.5.lib.tar.gz tar xvf vasp.5.3.5.tar.gz 查看说明：vasp.5.lib/README.lapack和vasp.5.3/README 生成默认配置文件：cp makefile.linux_ifc_P4 Makefile 注：VASP无需./configure命令生成Makefile文件，而是提供了几种针对不 同系统和编译器的makefile模板 修改Makefile文件配置，设定编译环境等： 对vasp.5.lib/Makefile做如下修改： 设定编译Fortran的编译器命令为Intel Fortran编译器命令：FC=ifort 对vasp.5.3/Makefile做如下修改： 设定MPI Fortran编译器为Intel MPI编译命令：FC=mpiifort . 李会民 (中国科大超算中心) 程序安装简介 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2016-5-27 . . . . . . 7 / 10 . VASP程序安装 II 设定BLAS库使用Intel MKL中的BLAS：BLAS=-mkl=sequential 注：2013及之后的Intel编译器支持-mkl选项自动调用Intel MKL库 设定MPI库部分： BLACS= -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 SCA= $(MKL_PATH)/libmkl_scalapack_lp64.a $(BLACS) 设定parallal FFT： FFT3D = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o $(MKL_FFTW_PATH)/libfftw3xf_intel.a INCS = -I$(MKLROOT)/include/fftw 编译： 编译vasp.5.lib里的库：在vasp.5.lib目录中执行make 编译成vasp：在vasp.5.3目录中执行make 安装：VASP无需执行make install，只需要将生成的vasp复制到相应 目录即可，如/opt/bin/vasp.5.3.5 设置环境变量：如在~/.bashrc中设置安装后的可执行程序目录在环 境变量PATH中： . 李会民 (中国科大超算中心) 程序安装简介 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2016-5-27 . . . . . . 8 / 10 . VASP程序安装 III export␣PATH=$PATH:/opt/bin/vasp.5.3.5 . 李会民 (中国科大超算中心) 程序安装简介 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2016-5-27 . . . . . . 9 / 10 . 编译时提示某些文件找不到或函数无法链接 提示某些库，如libm.so，找不到： 查找是否是系统库：yum provides */libm.so*，有的话，则说明是系统 库，可联系系统管理者安装 去/opt/intel等目录下查看下是否有：find /opt/intel -name libm.so，有的 话，一般设置合适链接参数即可 如上述两者都找不到，那么一般需要下相应库进行安装，请搜索。 提示某些函数，如zhemm，无法链接： 到怀疑可能有此函数的目录下grep zhemm * 对于.so文件，如libmkl_mc3.so，可nm libmkl_mc3.so查看里面的函数 对于.a文件，如libmkl_blas95_lp64.a，可ar t libmkl_blas95_lp64.a查看 里面的.o文件 如上述方法显示存在，一般只要添加合适的链接参数即可，如找不 到，也许需要安装对应的函数包 . 李会民 (中国科大超算中心) 程序安装简介 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2016-5-27 . . . . . . 10 / 10 . 联系信息 中国科大超算中心： 电话：0551-63602248 信箱：sccadmin@ustc.edu.cn 主页：http://scc.ustc.edu.cn 办公室：中国科大东区新图书馆一楼东侧126室 李会民： 电话：0551-63600316 信箱：hmli@ustc.edu.cn 主页：http://hmli.ustc.edu.cn 办公室：中国科大东区新科研楼A座二楼204室 . 李会民 (中国科大超算中心) 程序安装简介 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2016-5-27 . . . . . . 11 / 10 .