计算生物学系.pdf
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复旦大学 生命科学学院 - 计算生物学系 教 师 曹志伟 姚 音 田卫东 胡跃清 戚 教授 教授 教授 教授 研究员 黄 强 教授 继 冯会娟 胡小华 姜 宁 吴小萍 陆晨琪 青年研究员 副教授 副研究员 副教授 副教授 复旦大学 生命科学学院 - 计算生物学系 生物统计学 Biostatistics 招生专业 生物信息学 主要招生教师 主要招生教师 博士生导师（3人） 姚 Bioinformatics 博士生导师（4人） 音 田卫东 胡跃清 曹志伟 黄 教授 教授 教授 教授 教授 胡小华 姜 宁 吴小萍 陆晨琪 副教授 副研究员 副教授 副教授 强 戚 继 研究员 冯会娟 青年研究员 所有老师都可招收两个专业的研究生。 复旦大学 生命科学学院 - 计算生物学系 ◆ 曹志伟 博士 (计算生物学) (复旦大学 特聘教授, 博导) ◆方 向： 智能药物计算设计 ◆ 关键词： 中药、抗体、疫苗 ◆ 教育部新世纪优秀人才、上海市曙光学者、上海市浦江人才 ◆ 中华中医药学会中医药信息分会副主委，世中联中药系统科学与工程专委会副会长 ◆ 承担省部级科研课题 17项，发表SCI论文120余篇，国家发明专利授权3项 代表文章 ： 1. Nucleic Acids Res. 2022 Jan 7;50(D1):D1238-D1243. 2. Nucleic Acids Res. 2021 Sep 27;49(17):e99. 3. Molecular Biology & Evolution, 2021 Aug 23;38(9):3637-3648. 4. Nature Communications 2018 May 2;9(1):1772. 协 系 同 起 统 效 调 节 复旦大学 生命科学学院 - 计算生物学系 ◆ 姚 音 博士 (遗传学） （特聘教授，博导) ◆方 向：统计遗传学、精神病 遗传学和计算生物学 ◆ 关键词：精分发病机理 ◆ The Louis I. and Thomas D. Dublin Award. ◆ The Helen Abbey Award for Advising, Mentoring and Teaching Recognition. ◆ 发表了SCI论文 130 余篇。 代表文章 ： 1. M. Li et al.#, …, Yin. Yao*. Molecular Psychiatry. 26:4475-4485 (2021). 2. Yin. Yao#*, W. Guo,et al.#, …, J. Duan*, Icience. 24:102785 (2021). 3. Qin H,, et al.#, …, Yin Yao*, Molecular Psychiatry 21(2):270 (2016). 4. Qin, H.D., et al..#, .., Yin Yao*, Jia W.H.*, The American Journal of Human Genetics. 98:709-727 (2016). 5. Qin, H.D., Yin Yao#, Zeng, Y. X. *, Cancer Research, P P. CANRES - 0649 (2011). 复旦大学 生命科学学院 - 计算生物学系 ◆ 田卫东 博士 (教授，博导) ◆ 方 向： 单细胞测序分析和应用 ◆ 关键词： 单细胞测序、生物标志物、医学大数据 ◆ 上海曙光学者，上海浦江人才 ◆ 中国生物信息学学会（筹）理事 ◆ 发表SCI论文60余篇，国家发明专利授权1项 代表文章 1. Zhang Y, Zhang F, Wang Z, Wu S, Tian W#. (2022) Nucleic Acids Research. scMAGIC: accurately annotating single cells using two rounds of reference-based classification. 2. Zhang, F., Li, X., Tian, W#. (2020) Cell Reports. Unsupervised Inference of Developmental Directions for Single Cells Using VECTOR. 3. Zhang, F., Wu, Y., Tian, W#. (2019) Cell Discovery. A novel approach to remove the batch effect of single-cell data. 4. Li, Z., Zhang, F., …., Zhou, W.#, and Tian W#.(2019) Bioinformatics. PhenoPro: A novel toolkit for assisting in the diagnosis of Mendelian diseases. 5. Chen, J. and Tian, W.# (2016) Nucleic Acids Research. Explaining the disease phenotype of intergenic SNP through predicted long range regulation. 复旦大学 生命科学学院 - 计算生物学系 ◆ 胡跃清 博士 (统计学） (教授，博导) ◆ 方 向：生物统计，统计遗传学 ◆ 关键词：多表型关联分析，因果推断， 个性化诊疗，多组学数据整合分 ◆ 浦江学者，挑战杯二等奖，教委科技进步三等奖 ◆ 多项自然科学基金主持人，发表40余篇SCI论文 ◆ 基金评审专家， 中国工程概率统计学会常务理事，中国现场统 计研究会生存分析分会常务理事，IBS-China常务理事 代表文章 ： 1. Bao, …, Hu (2021) Development of models to predict postoperative complications for hepatitis B virus-related hepatocellular carcinoma. Frontiers in Oncology 2. Wang, …, Hu (2020) A nonparametric test for association with multiple loci in the retrospective case-control study. Statistical Methods in Medical Research 3. Li, …, Hu (2018) Indirect effect inference and application to GAW 20 data. BMC Genetics 4. Hu et al. (2007) An extension of the transmission disequilibrium test incorporating imprinting. 5. Fung & Hu (2008), Statistical DNA Forensics: Theory, Methods and Computation (262pp). John WileGeneticsy & Sons 复旦大学 生命科学学院 - 计算生物学系 ◆ 戚 继 博士 (生物信息学) (研究员，博导) ◆ 方 向：植物发育进化与机器学习方法 ◆ 关键词： 基因组、空间转录组、基因组多倍化 ◆ 在Nature Communications、PNAS、Genome Research、Molecular Plant、 Molecular Biology & Evolution和Nucleic Acids Research等发表多篇SCI论文，合计被 引用9000余次。 代表文章 1. Ren Ren#, Haifeng Wang#, Chunce Guo#, Ning Zhang, Liping Zeng, Yamao Chen, Hong Ma*, Ji Qi* (2018) Molecular Plant. 11: 414-428. 2. J. Liu, Q. Lian, Y. Chen, J. Qi* (2019) Nucleic Acids Research. 47: e30 3. H. Wang, C. Guo, H. Ma, J. Qi* (2019) Molecular Plant. 12(2):137-140 4. Caifei Zhang#, Taikui Zhang#, Federico Luebert# Yezi Xiang, Chien-Hsun Huang, Yi Hu, Mathew Rees, Michael W. Frohlich, Ji Qi*, Maximilian Weigend*, Hong Ma*. (2020) Molecular Biology and Evolution. 37:3188-3210 5. S. Zhou, Y. Chen, C. Guo*, J. Qi* (2020) Methods in Ecology & Evolution 11: 943-954 复旦大学 生命科学学院 - 计算生物学系 ◆ 黄 强 博士 (物理化学) (教授，博导) ◆ 方 向：计算与结构生物化学 ◆ 关键词：结构机理、蛋白设计、机器学习 ◆ 第五届中国技术市场协会金桥奖 (第2完成人)，上海市科技发明奖二等奖 (第 3完成人) , 教育部技术发明奖二等奖 (第3完成人)。 ◆ 中国生物工程学会 计算生物学与生物信息学专业委员会 委员。 ◆ 发表SCI论文 70 余篇，国家发明专利授权 12 项。 代表文章 ： 1. R. Yao#, J. Qian#, Q. Huang*. Bioinformatics. 36:1252-1259 (2020). 2. C. Huai#, G. Li#, R. Yao, Y. Zhang, M. Cao, L. Kong, C. Jia, H. Yuan, H. Chen, D. Lu*, Q. Huang*. Nature Commun. 8:1375 (2017). 3. J. Zhu, Q. Yang, D. Dai, Q. Huang*. J. Am. Chem. Soc. 135: 11708-11711 (2013). 4. Q. Huang*, A. Herrmann. Protein & Cell. 3:230-238 (2012). 5. Q. Huang, R. Opitz, E.-W. Knapp, A. Herrmann. Biophys. J. 82:1050-1058 (2002). 复旦大学生命科学学院-计算生物学系 生物信息学方法开发 与数据挖掘 ◆ 冯会娟 博士 (生物信息学) 0.1 -0.1 (青年研究员，博导) Base -0.3 可变 剪接的功能和调 控 ◆ 方 向： 生物信息学、RNA调控 ◆ 关键词： 可变剪接、疾病、RNA治疗 疾病 ◆ 入选国家和上海市海外高层次人才。 ◆ 在Nature Communications、Molecular Cell、PNAS等学术 期刊上发表SCI论文9篇。 代表文章 1. Feng H et al. PNAS, 2021; 118(10). 2. Feng H*, Bao S* et al. Molecular Cell. 2019;74 (6), 1189-1204. e6. 3. Weyn SM*, Feng H* et al. Nature Communications. 2018;9(1):2189. 4. Feng H et al. BMC Genomics. 2018;19(6):153. 5. Feng H et al. Nature Communications. 2015;6:7816. 发育